A flora de toda a Serra de Montemuro é bastante rica. Nas encostas da serra, mas praticamente no fundo da serra predominam as plantações de pinheiro (Pinus pinaster), acompanhado do carvalho-roble ou carvalho-alvarinho (Quercus robur) e o castanheiro (Castanea sativa), sen do que este último nunca aparece acima dos 1.000 metros. Nas margens dos ribeiros predominam o amieiro (Alnus glutinosa), o salgueiro (Salix spp.), a borrazeira branca (Salix salvofolia), a borrazeira preta (salix atrocinerea) e o freixo (Fraxinus angustifolia). Na “Crista da Serra”, acima dos 1000 metros, encontra-se uma vegetação arbustiva, onde predominam o tojo (Ulex spp) e as urzes, como a urze vermelha (Erica australis), a urze branca (Erica arborea), a queiró (Erica umbellata), sargaço branco (Cistus psilosepalus), a giesta branca ou giestas das serras (Cytisus multiflorus), e os fetos (Asplenium spp.). A carqueja (Pterospartum tridentatum), encontra-se por toda a serra, mas é mais frequente no lado Sul onde chega a ocupar grandes espaços. Existe uma espécie pouco vulgar nesta região, que é o piorno bravo (Echinospartum lusitanicum), é uma espécie vulnerável, encontra-se a 1317 metros de altitude, na parte sul da Serra, e encontra-se ainda a 1370 metros. Esta espécie floresce no início do mês de Junho. As espécies arbóreas variam consoante a formação geológica, como por exemplo, o azevinho (Ilex aquifolium), que é uma espécie rara e protegida, o amieiro e o salgueiro.
Os principais factores de ameaças para a fauna e para a flora são:
- O fogo constitui um dos factores de degradação das zonas florestais causando danos graves na vegetação.
- As queimadas, utilizadas de forma sistemática e incorrecta, levam também à destruição do coberto vegetal espontâneo, favorecendo a erosão e o desaparecimento de biótopos característicos.
- A colheita de espécies botânicas por coleccionadores (as mais raras) e por laboratórios (as de carácter medicinal).
- O sobrepastoreio, praticado pelo gado caprino, compromete a regeneração de algumas espécies de vegetação autóctone.
- A caça furtiva exerce-se por meios ilegais, sendo eliminadas espécies cinegéticas e não cinegéticas.
- A utilização de áreas protegidas para percursos todo-o-terreno, danifica o coberto vegetal. • A ausência de fiscalização permite o uso de técnicas e meios ilegais de pesca, capturando indivíduos de tamanho inferior à medida legal.
- A instalação de parques energia eólica e a falta de aplicação das medidas de minimização e compensação que os promotores ficaram obrigados a aplicar no âmbito do Estudo de Impacto Ambiental.
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